某單位在該市城北區(qū)有一棟距道路紅線5m，且平行于道路走向的六層單身宿舍樓。由于情況變化和經(jīng)濟發(fā)展，經(jīng)單位領(lǐng)導(dǎo)研究決定，并報請有關(guān)主管部門同意，擬將該單身宿舍樓改建為對外營業(yè)的旅館使用。為安排旅館接待大廳的需要，該單位向城北區(qū)自然資源主管部門報送了一份新建一層接待大廳的申請。經(jīng)城北區(qū)自然資源主管部門研究，同意該單位的申請方案，并核發(fā)了建設(shè)工程規(guī)劃許可證。

該工程在施工期間，市自然資源主管部門的兩名執(zhí)法人員在現(xiàn)場監(jiān)督檢查時發(fā)現(xiàn)，該工程正在進行二層的結(jié)構(gòu)施工。經(jīng)執(zhí)法人員進一步核查發(fā)現(xiàn)，由城北區(qū)自然資源主管部門審批的接待大廳建設(shè)位置實際已侵入了道路紅線3m，并占壓了兩條現(xiàn)狀地下管線。

為此，兩名執(zhí)法人員當(dāng)即找到了該單位法人和工程施工負責(zé)人，在核查事實后，填發(fā)了停工通知書，責(zé)令該工程立即停工，聽候處理。

【問題】：該工程被責(zé)令停工的原因是什么？市自然資源主管部門應(yīng)如何處理本案？