【參考答案】：

分析該工程的建設，其所以受到查處的原因有四點：

（1）按照《城鄉(xiāng)規(guī)劃法》第六十四條和六十五規(guī)定，該工程建設沒有取得建設用地規(guī)劃許可證，屬于違法用地。

（2）農(nóng)村耕地屬于集體所有的土地，將其改變?yōu)榻ㄔO用地，應當辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用審批手續(xù)，必須由建設單位根據(jù)計劃部門批準的立項進行征用土地，成為國有土地后，由自然資源主管部門核發(fā)建設用地規(guī)劃許可證后方可使用土地。

（3）該村雖已經(jīng)還耕，但占用耕地應按《土地管理法》有關(guān)規(guī)定報請城市人民政府審批，鄉(xiāng)政府無權(quán)審批。

（4）在城市規(guī)劃區(qū)內(nèi)進行的一切建設活動，必須經(jīng)自然資源主管部門審批核發(fā)建設工程規(guī)劃許可證，未經(jīng)審批就是違法建設。

具體處理措施：根據(jù)該工程剛開工，自然資源主管部門責令恢復原有的地形、地貌，并由違法建設單位賠償所造成的損失。